Фамилия Бовкунов образована от прозвища Бовкун, и её происхождение стоит искать в народной диалектной лексике. Самая прямая версия отсылает к слову «бовкун» — так в южнорусских и украинских говорах называли вола, запряжённого в одиночку. Соответственно, прозвище мог получить либо крестьянин, который держал таких волов и работал с ними, либо человек, чья внешность или упрямство напоминали это животное.

Вторая версия уводит в сторону глагола «бовкати», что в украинском языке означает «звонить», а в переносном смысле — «говорить не подумав, болтать наугад». Если принять эту гипотезу, то Бовкуном прозвали звонаря при церкви, либо, наоборот, спешливого, несдержанного на язык человека. Оба значения — «вол» и «звонарь/болтун» — звучат по-разному, но одинаково правдоподобно для бытового прозвища.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Бовкунов — буквально «сын Бовкуна» или «из семьи Бовкуна». Фамилия характерна для восточнославянской среды, особенно для регионов, где бытовало слово «бовкун»: это Украина, юг России, Белгородская, Воронежская, Ростовская области. Встречается она нечасто, что говорит о локальном, а не массовом происхождении.

Из однокоренных можно вспомнить фамилию Бовкун (без суффикса) и реже — Бовкуновский, но все они восходят к тому же корню. В словарях украинских прозвищ и фамилий это слово фиксируется, что подтверждает его живую основу, а не книжное заимствование. Так что предки носителя фамилии Бовкунов, скорее всего, были либо крестьянами, державшими волов, либо людьми, замеченными за громкой речью или работой со звоном.