Фамилия Бовыкина — женская форма от Бовыкин, и её происхождение связано не с одним, а как минимум с двумя древними корнями. Первый ведёт к имени Бовыка, которое в свою очередь возникло из церковного имени Бавл. Это имя, обозначавшее жителя итальянского города, было изъято из церковных календарей ещё в XVIII веке, а в народной среде превратилось сначала в Баву, затем в Бавыку, а потом и в Бовыку — через замену гласной.

Вторая, куда более яркая версия, отсылает к герою лубочных повестей — Бове-королевичу. Филолог Юрий Федосюк в книге «Русские фамилии» отмечал, что Бова был настолько популярен и общеизвестен среди крестьян, что некоторые даже называли сыновей этим именем. Сама повесть пришла на Русь с Запада: в России существовал жанр пересказа рыцарских романов, которые печатали лубочными картинками с короткими текстами. В устных пересказах они обрастали русскими деталями и превращались в богатырские сказки. Так имя Бова стало символом храбрости, силы и крупного телосложения, а прозвище Бовыка давали человеку, который этими чертами выделялся.

Словообразовательная модель проста: к основе Бовык- добавился суффикс -ин, типичный для русских фамилий, означающих принадлежность («чей?»). Получается: Бовыкин — сын или потомок Бовыки. В Москве конца XX века насчитывалось около двадцати семей с фамилией Бавыкин и только четыре — с фамилией Бовыкин. Эта редкость делает носителей фамилии Бовыкина обладателями не просто родового имени, а отголоска старинной книжной и народной традиции, где переплелись итальянские города, французские рыцарские романы и русские былинные богатыри.