Фамилия Боймер образована от аналогичного прозвища, которое, согласно одной из версий, восходит к средневерхненемецкому слову boum, что переводится как «дерево». Вполне вероятно, что это прозвище указывало на место жительства основателя рода (около большого дерева или леса). Не исключено также, что прозвище Боймер могло отражать особенности внешности предка (например, высокий рост). Кроме того, существует предположение, что прозвище Боймер ведет свое начало от средненижненемецкого bōm, то есть «барьер», «граница». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности родоначальника: возможно, он работал на таможне.