Фамилия Бойничан — редкий пример того, как географический суффикс «-ан» превращает прозвище в указание на выходца из определённой местности. Её основа — прозвище Бойнич, а конечное «-ан» в русских фамилиях часто указывает на принадлежность к какому-либо месту или роду (сравните: Ростовчан — из Ростова, Полтавчан — из Полтавы). Таким образом, Бойничан — это, скорее всего, «потомок Бойнича» или «человек из семьи Бойничей», причём суффикс мог закрепиться на западнорусских или украинских землях, где такие модели распространены.

Само прозвище Бойнич восходит к диалектному глаголу «бойничать». В прямом значении он означал «заниматься битьем масла» — то есть сбивать масло из сливок или молока. Человек, который этим промышлял, получал прозвище по своему ремеслу: маслодел, сыровар. Однако у того же глагола было и переносное, ироничное значение — «праздно шататься, слоняться без дела». В таком случае Бойничем могли прозвать лентяя, который не сидит на месте, а бродит по дворам. Оба варианта возможны, но ремесленная версия выглядит убедительнее: прозвища по профессии давали чаще, чем по случайной черте характера.

Фамилия Бойничан — нечастая. Её носители встречаются в основном на западе России и в Беларуси, что подтверждает связь с диалектной лексикой и словообразовательной моделью. В официальных документах прозвище Бойнич, изначально бытовавшее как дополнительное именование, со временем вытеснило наследственное имя и закрепилось в форме Бойничан.