Фамилия Бойштян — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного русского суффикса -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на иную языковую среду. Скорее всего, перед нами фамилия польского, белорусского или литовского происхождения, пришедшая с территории бывшей Речи Посполитой.

В основе лежит корень, который можно связать с польским словом «boj» (бой) или глаголом «bojować» (воевать, бороться). Суффикс -ян (-ian) в славянских фамилиях часто указывает на принадлежность к чему-либо или на происхождение из определённого места. В совокупности фамилию можно трактовать как «сын бойца» или «тот, кто из селения Бойшты». Второй вариант — топонимический — особенно вероятен: на территории Польши и Литвы есть несколько хуторов и деревень с корнем «Bojsz-» или «Bojšt-». Например, населённый пункт Бойшты (Bojszty) существует в Подляском воеводстве Польши. Тогда предок носителя фамилии получил её по месту жительства: «Бойштян» — «выходец из Бойшт».

Нельзя исключать и литовский след. В литовском языке есть слово «bojštas» (замок, крепость), хотя оно и заимствованное. Если фамилия действительно восходит к нему, то её значение могло быть связано с укреплённым местом или с человеком, жившим при замке. Однако для польско-белорусского ареала версия с «боем» или топонимом выглядит более прямой.

Фамилия Бойштян — одна из тех, что не получила широкого распространения в России. Её носители, скорее всего, происходят из шляхетских или мещанских слоёв западных губерний (Гродненская, Виленская, Минская), где подобные бессуффиксные или суффиксальные на -ян фамилии были обычны. Встречается она и в современной Польше в варианте Bojsztyn или Bojsztyan.