Фамилия Боюнова — женская форма фамилии Боюнов, и её происхождение стоит искать через мужской вариант. В основе лежит нецерковное имя или прозвище Боюн. В русских говорах слово «боюн» имело два значения: либо «тот, кто боится», «трус», либо, наоборот, «задира», «драчун», «буян». Второе значение более вероятно: в ономастике есть устойчивая модель, когда прозвища с корнем «бой» (боец, бойкий) давались людям активным и напористым. Суффикс -ун в прозвищах (ср. Бегун, Крикун, Молчун) указывал на постоянное свойство или действие, поэтому Боюн — это человек, который постоянно бьётся или затевает ссоры.

Словообразовательная модель проста: к основе Боюн добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Боюна». Таким образом, первый носитель фамилии Боюнов был сыном или потомком человека по прозвищу Боюн. Фамилия относится к типично русскому типу на -ов, который в XV–XVII веках закрепился за крестьянами и посадскими людьми в центральных и северных губерниях.

Географически фамилия встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что подтверждается данными переписей. Встречается и вариант написания с одной «н» — Боюнов, но он редок и, скорее всего, является следствием ошибки писаря. В XIX веке Боюновы числились в основном среди государственных крестьян, реже — среди мещан. Никакого отношения к словам «боярин» или «бой» в значении «сражение» фамилия не имеет: это бытовое прозвище, а не аристократический титул.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Бойков, Бойцов, Боев — показывает, что все они образованы от одной семантической группы, связанной с агрессивным или воинственным поведением, но Боюнов выделяется суффиксом -ун, который придаёт прозвищу оттенок привычного действия. Если Боев — это просто «сын бойца», то Боюнов — «сын того, кто постоянно буянит». Разница тонкая, но в народной этимологии она часто теряется.