Фамилия Боюнов образована по стандартной русской патронимической модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность к роду: «чей?» — Боюнов, то есть сын или потомок Боюна. Основа фамилии — личное прозвище или неканоническое имя Боюн, которое и определило её происхождение.

Корень «бой» в русском языке связан со значениями «битва», «сражение», «удар». Боюном могли прозвать драчливого, задиристого человека, того, кто любил пускать в ход кулаки. В говорах слово «боюн» фиксировалось в значении «забияка», «драчун». В словаре Владимира Даля «боюн» — это именно тот, кто бьёт, охотник до драк. Так что предок носителя фамилии, скорее всего, получил своё прозвище за буйный нрав или склонность к рукопашным стычкам.

Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «бояться»: тогда Боюн — это пугливый, робкий человек. Однако семантика «боя» (удара) в русском языке гораздо активнее и продуктивнее для прозвищ, чем «боязнь», поэтому версия с драчуном выглядит убедительнее. В старых документах встречаются аналогичные прозвища: Бой, Бойко, Боян (последнее, правда, чаще связывают со старославянским «бояти» — «ведать», но в народной этимологии оно смешивалось с «бой»).

Географически фамилия Боюнов не привязана к одной местности, но чаще встречается в центральных и южных областях России. В списках однодворцев и крестьян XVII–XVIII веков прозвище Боюн могло закрепиться за целым родом. Сословно это типичная крестьянская или посадская фамилия: дворяне с таким прозванием редки. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформилась в среде великорусского населения, где патроним на -ов был основным способом наследования прозвища от отца к сыну.