Фамилия Боюнсузов — один из тех редких случаев, когда корень читается почти без искажений, но смысл его для современного уха тёмен. Основа «боюнсуз» — это тюркское сложное слово. Первая часть, «боюн», по-тюркски значит «шея», «выя». Вторая, «суз» (в современной транскрипции чаще «сыз» или «суз»), — аффикс отрицания, соответствующий русским приставкам «без-» или «не-». То есть дословно — «без шеи», «бесшейный».

Прозвище Боюнсуз могло закрепиться за человеком по двум разным причинам. Самое прямое объяснение — физическая особенность: короткая, малоподвижная шея или привычка втягивать голову в плечи. Но в тюркской антропонимии «шея» часто служила метафорой упрямства, независимости, гордости (сравните русское «гнуть шею» — подчиняться). Соответственно, «без шеи» могло означать человека несговорчивого, нежелающего кланяться и подчиняться, того, кого «не согнёшь». Вторая версия кажется более правдоподобной для прозвища, так как прямые физические недостатки реже становились основой для фамилий у тюркских народов, а вот характеристика характера — часто.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилии. Это значит, что носитель прозвища Боюнсуз жил в среде, где фамилии оформлялись по русскому образцу: «чей?» — «Боюнсузов», то есть сын или потомок Боюнсуза. Это типично для тюркских фамилий, которые «обрусели» в XIX-XX веках, особенно в Поволжье, на Урале и в казахских степях при контактах с русским населением. Фамилия редкая, географически может тяготеть к Оренбуржью, Башкортостану или Западному Казахстану, где такие прозвища бытовали.

Стоит обратить внимание на написание: в исходном тюркском слове мог быть звук «ы» (Боюнсыз), но в русской записи он передался через «у» (Боюнсуз), что тоже встречается в диалектах и старых документах. Других однокоренных фамилий в русском ономастиконе практически нет — это делает Боюнсузовых уникальным, почти штучным антропонимическим явлением.