Фамилия Боюнсузова — редкий случай, когда фамилия прямо говорит о физической особенности предка. Её основа — тюркское слово «боюнсуз» (или «бойунсуз»), что в переводе с ряда тюркских языков (например, карачаево-балкарского, кумыкского, ногайского) означает «без шеи», «короткошеий». Суффикс -ов/-ев в женской форме -ова указывает на принадлежность: буквально «дочь (или жена) Боюнсуза».

Мужская форма фамилии — Боюнсузов. Скорее всего, предок носителя получил прозвище Боюнсуз за короткую или малоподвижную шею. В тюркской антропонимике такие «недостаточные» прозвища (Безруков, Безносов, Кривошеев) были распространены: они не несли оскорбления, а служили узнаваемым бытовым именем, которое потом закрепилось в фамилии.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу и Поволжью, где сильны тюркские языки. Встречается у кумыков, ногайцев, карачаевцев, реже — у балкарцев и татар. Русская грамматика (суффикс -ов) указывает, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде, скорее всего, при переписи населения в XIX — начале XX века.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, которые образованы от крестильных имён, Боюнсузова — чисто прозвищная, от нарицательного слова. Это сближает её с фамилиями типа Безруков или Горбатов, но с тюркским корнем. Встречаются варианты написания Боюнсузов/Боюнсузова, а также, возможно, искажённые формы вроде Боюнсузев (с заменой -ов на -ев по мягкости основы). Никаких известных исторических личностей с такой фамилией в открытых источниках не зафиксировано — фамилия остаётся локальной и малочисленной.