Это имя пришло в русский язык из Болгарии и переводится как «богом данный». От этого имени было образовано множество производных разговорных форм, одна из которых — Божко — легла в основу данной фамилии. Следует также отметить, что у болгар Божко стало самостоятельным мужским личным именем. Менее вероятно, что фамилия Божков ведет свое начало от нарицательного «божок». В таком случае можно предположить, что основатель рода Божковых не был христианином.