Фамилия Братушкина образована от прозвища Братушка. Это прозвище, в свою очередь, восходит к диалектному нарицательному «братушка», которое в разных говорах означало «брат», «двоюродный брат», «сводный брат» или просто «друг, товарищ». В основе лежит ласковое обращение, которое могло закрепиться за человеком как семейное или дружеское прозвище. Модель образования фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Братушкина — это «дочь (или жена) Братушки», а в мужском варианте — «сын Братушки». Со временем форма на -ин стала стандартной для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я.

Существует версия, что Братушками называли членов некоторых религиозных сект — братств. Однако эта гипотеза маловероятна для основы фамилии: прозвища от названий сект обычно возникали в среде, где такие общины были заметны, а само слово «братушка» в этом значении оставалось узкоупотребительным. Гораздо правдоподобнее, что прозвище дали по характеру или родственной связи — так могли назвать человека, который всем приходился «братом» или постоянно употреблял это обращение в речи.

Фамилия Братушкина — женская форма, мужской вариант — Братушкин. По данным статистики, фамилия встречается относительно редко, преимущественно в центральных и северных регионах России. Встречаются и однокоренные фамилии: Братухин, Братов, Братишкин — все они восходят к той же основе «брат» в разных диалектных вариантах. Словообразовательный ряд показывает, что прозвище Братушка было не единичным, а частью народной традиции называть человека по родству или дружескому отношению.