Фамилия Братушкин — один из тех случаев, когда прозвище, положенное в основу, говорит само за себя. В её центре — слово «братушка», уменьшительно-ласкательная форма от «брат». В разных русских говорах так называли не только родного брата, но и двоюродного, сводного, а порой и просто близкого друга, товарища. Человек, получивший прозвище Братушка, скорее всего, был либо младшим в семье, к кому обращались ласково, либо, наоборот, тем, кто сам всех вокруг называл «братушками» — то есть приветливым, общительным.

Менее вероятная, но всё же встречающаяся версия связывает это прозвище с религиозной средой. Братушками в народе могли называть членов некоторых христианских братств или сектантских общин, где было принято обращаться друг к другу «брат». Однако для фамилии Братушкин эта версия выглядит натянутой: прозвища такого типа обычно возникали в быту, а не в замкнутых религиозных кругах.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ин (в форме Братушкин) указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Братушки». Это типичный патроним, характерный для северных и центральных областей России. Фамилия не знатная и не редкая: она из того же ряда, что и Братов, Братищев, Братухин, — все они образованы от родственных прозвищ и имён, связанных с понятием родства.

Интересно, что форма «Братушкин» сохранила старую, диалектную огласовку. В литературном языке закрепилось бы скорее «Братушкин» или «Братушечкин», но народная речь оставила именно этот вариант — с твёрдым «ш» и без лишней ласкательности. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии встречаются в переписях крестьян и посадских людей, но конкретных исторических носителей Братушкиных, оставивших заметный след, ономастика не выделяет — это фамилия «тихого» бытования, без громкой истории.