Фамилия Братушко говорит сама за себя: в её основе лежит слово «брат», а точнее — прозвище Братуш. Так в старину могли назвать родного брата, двоюродного родственника или просто близкого друга, которого считали «своим», почти семьёй. В славянской традиции прозвища с корнем брат- (Братуха, Братик, Братуш) давали не только по степени родства: часто это был ласковый, уважительный или шутливый адрес к товарищу, побратиму или даже к младшему члену общины. Со временем это обращение закрепилось как личное прозвище, а затем и как фамилия.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа «Братуш» плюс украинский или белорусский по происхождению суффикс -ко. Этот суффикс в восточнославянских фамилиях (особенно характерный для Украины и юга России) часто выполнял функцию уменьшительности или принадлежности, указывая на потомка или носителя прозвища. Таким образом, Братушко — это буквально «сын (или потомок) Братуша», «маленький Братуш». Подобная модель образования фамилий типична для регионов, где бытовали формы на -енко, -ук, -юк, но -ко встречается и в польской, и в белорусской традиции.

Прозвище Братуш, изначально присоединённое к наследственному имени, со временем полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Носители фамилии Братушко, вероятнее всего, происходят из среды крестьян или казачества, где подобные «родственные» прозвища были особенно распространены. Географически фамилия чаще всего встречается на Украине, в Беларуси и в южных областях России, что подтверждает её западнорусские и малороссийские корни.

Стоит отметить, что в ономастике встречается и другая версия: прозвище Братуш могло быть формой от канонического имени Брато (редкое, но фиксируемое в святцах) или даже от названия братства — религиозного или ремесленного объединения. Однако наиболее естественным и распространённым объяснением остаётся бытовое, «братское» происхождение, без сложных церковных или социальных конструкций.