Фамилия Бубуек — редкий случай, когда носителя почти наверняка можно узнать по говору. Её основа — украинское или южнорусское диалектное слово «бубуй» (или «бубуйка»), которое означало нечто вздутое, надутое, круглое. В разных говорах так называли либо пузырь, либо нарыв, либо неуклюжего, толстого человека. Суффикс -ек в данном случае уменьшительный, но не столько ласкательный, сколько указывающий на носителя признака: «бубуек» — это тот, кого прозвали маленьким бубуем, пухляшом, или же человек, который постоянно дуется, надувается от обиды.

Словообразовательная модель фамилии нетипична для русской традиции. В русских фамилиях редко встречается основа в форме существительного с уменьшительным суффиксом без патронимического окончания (-ов, -ин). Бубуек — это чистая основа, застывшее прозвище, которое не стали русифицировать. Такое возможно в среде, где украинское влияние было сильным, или в казачьих областях, где прозвища часто сохраняли исходную форму без добавления родовых суффиксов. По сути, фамилия — это законсервированное обращение: «Эй, Бубуек!» — и пошло.

Версия о связи с тюркскими корнями (например, «бубу» — дед, предок) маловероятна. Для тюркского происхождения фамилия имела бы более прозрачную структуру (вроде Бубуев или Бубуков), а суффикс -ек в тюркских языках даёт другое значение. Поэтому основная и самая надёжная гипотеза — славянская, с опорой на звукоподражательную или описательную лексику.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу бывшей Российской империи. Встречается в основном на Украине, в Беларуси, а также среди переселенцев в Сибирь и на Дальний Восток. В центральных русских губерниях она почти не фиксируется. Это значит, что предки носителей фамилии Бубуек, скорее всего, были крестьянами или казаками из чернозёмных или западных областей, где прозвища такого типа были в ходу.

Сословная принадлежность предков неясна — фамилия не даёт подсказок ни на дворянство, ни на духовенство. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась в XIX веке при массовом учёте населения. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что делает её чисто родовой, бытовой, без громкой биографии.