Фамилия Бобуек — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её носители встречаются в основном в западных регионах бывшей Российской империи, особенно на территории современной Украины, в Польше и в Беларуси. Написание с окончанием -ек выдаёт в ней восточнославянскую или польскую модель образования уменьшительных форм, где суффикс -ек (-ук, -юк) указывает на «сына» или «маленького», то есть Бобуек — буквально «маленький Бобуй» или «сын Бобуя».

Основа фамилии — «боб-» — чаще всего связывается с растением боб. В славянских языках прозвища, образованные от названий растений, были распространены: Боб, Бобок, Бобуля. Человек мог получить такое прозвище за любовь к бобовым блюдам, за круглую форму лица или за медлительность (от сравнения с бобом, который долго варится). Однако есть и другая версия: в западнославянских говорах «бобуй» или «бобек» могло означать человека, который что-то «бобит» — то есть говорит невнятно, бормочет, как в польском «bobrować» (копаться, ворошить). Но это менее обоснованное предположение.

Суффикс -юк/-ук типичен для украинских и польских фамилий, обозначающих потомка: Бобуй + -ек = Бобуек. Встречается и вариант Бобук, но Бобуек — более старая форма, сохранившая редукцию гласного. Интересно, что в документах XIX века фамилия иногда записывалась через «у» с одной «б» — Бобуек, что подтверждает её устное происхождение: писарь фиксировал то, что слышал.

Социально носители фамилии Бобуек, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано. Это фамилия-прозвище, которая закрепилась за одним родом и передавалась по наследству без изменений, в отличие от более поздних искусственных фамилий духовенства или купечества.

Если искать аналогии, то близкие по модели фамилии — Бобук, Бобух, Бобуля. Все они указывают на одного и того же предка по прозвищу Боб или Бобуй. Споров о происхождении здесь почти нет: растение-основа — самая прочная версия, а региональная привязка к западу славянского мира подкрепляется и суффиксом, и географией современных носителей.