Фамилия Бубуев — один из тех случаев, где этимология лежит на поверхности, но требует небольшого лингвистического отступления. Её основа — «бубуй» или «бубу» — звукоподражательного происхождения, и это сразу сужает круг поиска. Наиболее вероятно, что прозвище Бубуй дали человеку с глуховатым, невнятным голосом или тому, кто говорил «себе под нос», бормотал. В русских говорах слово «бубунить» означало «ворчать, бормотать», а «бубуй» — ворчун или человек с неразборчивой речью. Таким образом, фамилия Бубуев, скорее всего, образовалась от прозвища, закреплённого за обладателем такой речевой особенности.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединяется к основе, оканчивающейся на «й». В именительном падеже основа теряет конечный звук: Бубуй → Бубуев. Это же правило работает для фамилий типа Андреев (от Андрей), Тимофеев (от Тимофей). Интересно, что в некоторых регионах, особенно в Поволжье и на Урале, слово «бубуй» могло быть не только прозвищем, но и именем собственным, пусть и редким, — такие случаи фиксируются в документах XVII–XVIII веков, где «Бубуй» выступает как некалендарное личное имя.

Вторая, менее распространённая версия отсылает к тюркским языкам. В ряде тюркских наречий «бубу» означает «дед» или «предок», а также может быть детским словом для обозначения старшего родственника. Если фамилия имеет тюркские корни, то Бубуев — это «сын Бубу», то есть потомок уважаемого старца. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, суффикс -ев — типично славянский, а не тюркский (в тюркских фамилиях чаще встречаются -ов/-ев, но в сочетании с арабскими или персидскими основами, а не с исконно тюркскими); во-вторых, русская звукоподражательная версия объясняет и прозвище, и его бытовую логику без привлечения дополнительных языков.

Географически фамилия Бубуев встречается нечасто, но заметна в регионах с историческим смешением русского и финно-угорского населения — в Вятской губернии, Пермском крае, а также в некоторых районах Сибири. Это косвенно подтверждает версию о прозвище: в диалектах этих мест слово «бубуй» фиксируется именно в значении «ворчун» или «бормотун». Социальный статус носителей фамилии, судя по архивным данным XIX века, был преимущественно крестьянским или мещанским — никаких дворянских родов с такой фамилией не известно.