Фамилия Бубеев образована от прозвища Бубей. По одной из версий, оно ведет свое начало от украинского нарицательного «бубка» - «ягода». Вероятно, прозвище относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог заниматься выращиванием или сбором лесных ягод на продажу. В таком случае Бубеем могли называть глашатая, либо словоохотливого, общительного человека. Согласно еще одной гипотезе, это прозвище этимологически связано со словом «буба» - «ушиб, опухоль, болячка». Поэтому возможно, что прозвище Бубей выполняло «охранительную» функцию и использовалось в качестве оберега. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Бубеем. Так и прозвище Бубей закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Бубеев. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бубей, со временем получил фамилию Бубеев.