Фамилия Бубеев образована от прозвища Бубей. Разбирая её, сразу замечаешь суффикс -ев, который указывает на русскую модель образования отчества или фамилии со значением «сын Бубея». Сама основа — прозвище — не имеет однозначного толкования, и тут открывается простор для лингвистического поиска.

По одной из версий, Бубей восходит к украинскому «бубка» — «ягода». В таком случае прозвище могло указывать на род деятельности: предок занимался сбором или выращиванием лесных ягод на продажу. Это делает фамилию «профессиональной», но не единственной в своём роде.

Есть и другая, более редкая гипотеза. Слово «бубей» могло быть связано с диалектным «буба» — «ушиб, опухоль, болячка». В народной традиции такие прозвища нередко выполняли роль оберега: родители нарекали ребёнка Бубеем, надеясь, что злые силы обойдут его стороной, а сам мальчик вырастет здоровым и красивым. Эта версия правдоподобна именно для русской ономастики, где охранительные имена встречаются часто.

Не стоит путать фамилию Бубеев со схожими по звучанию, но разными по происхождению — например, Бубякин или Буба. Здесь суффикс -ев однозначно указывает на патроним, а не на топоним или этноним. География фамилии неширокая, встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, что косвенно подтверждает её связь с украинским или южнорусским диалектным словом.