Фамилия Бубунцова — женская форма фамилии Бубунцов, и её редкость сразу бросается в глаза. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать необычную модель образования. Суффикс -унц- в русских фамилиях встречается несравнимо реже, чем стандартные -ов, -ев или -ин. Он характерен для прозвищ, образованных от глаголов с помощью суффикса -ун-: так появлялись слова вроде «бегун», «крикун», «говорун». Затем к такому прозвищу добавлялся уменьшительный или уничижительный суффикс -ец (в родительном падеже — -ц-а), давая форму вроде «бегунец» — «бегунцов». В основе фамилии Бубунцов лежит прозвище Бубун или Бубунец.

Корень здесь — звукоподражательный «буб-», тот же, что в словах «бубнить», «бубен», «бубенец». Человек по прозвищу Бубун, скорее всего, получил его за манеру говорить невнятно, монотонно или постоянно ворчать — «бубнить». Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: прозвище могли дать мастеру, делавшему бубенцы (бубунцы в диалектах), или человеку, который любил звенеть, греметь, создавать шум. Звукоподражательная основа «буб» очень древняя и встречается во многих славянских языках.

Географически фамилия Бубунцов (и Бубунцова) тяготеет к югу России и казачьим областям. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она фиксируется в Области Войска Донского, на Кубани и в Ставропольской губернии. Это не случайно: суффикс -унц- характерен для украинской и южнорусской ономастики, где он нередко заменял более привычный северный -ов. Так, на Дону и Кубани часто встречаются фамилии Бегунцов, Крикунцов, Скакунцов — все они образованы по той же модели, что и Бубунцов.

Редкость фамилии объясняется не только необычной основой, но и узкой географией бытования. В центральных и северных губерниях России прозвище Бубун звучало бы чужеродно, и носителя скорее записали бы как Бубнов или Бубин. Таким образом, фамилия Бубунцова — маркер южнорусского или украинского происхождения предков, а её основа напрямую связана с речевой характеристикой человека: негромкое, монотонное бормотание или ворчание.