Фамилия Бубунин — редкая и звучит необычно, но её происхождение прозрачно, если присмотреться к суффиксу. Перед нами типичная русская патронимическая модель на -ин, указывающая на принадлежность: «чей?» — Бубунин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Бубуня.

Основа фамилии — Бубуня. В русских говорах это слово имело два основных значения. Первое — диалектное название бубенчика, колокольчика, погремушки. Второе, более вероятное для прозвища, — «бубуня» означало ворчуна, брюзгу, человека, который говорит невнятно или постоянно бормочет себе под нос («бубнит»). Глагол «бубнить» (говорить монотонно, неразборчиво) и «бубен» (музыкальный инструмент) — однокоренные, так что прозвище могло пристать и к болтливому, и к угрюмому человеку.

Суффикс -ин вместо более распространённого -ов часто встречается в фамилиях, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. В данном случае «Бубуня» даёт именно форму Бубунин. Это косвенно указывает на то, что прозвище было широко распространено в быту, а не являлось каноническим крестильным именем.

Географически фамилия привязана в основном к центральным и южным регионам России, встречается в документах по Курской, Воронежской и Ростовской областям, но нигде не образует плотных гнёзд. Это фамилия единичных родов, что типично для прозвищ, не перешедших в массовые.

Версия о происхождении от тюркского или кавказского корня (например, от «буба» — отец, дед) существует, но менее убедительна: суффикс -ин в таком случае был бы нетипичен, а форма «Бубунин» для тюркской основы выглядела бы искусственной. Куда логичнее, что предок носителя этой фамилии был просто человеком с характером — ворчливым, неразговорчивым или, наоборот, надоедливо бубнящим, и это прозвище закрепилось за его потомками.