Фамилия Бубенин — типичный пример русского отчества, образованного от личного прозвища. В её основе лежит прозвище Бубен, которое в старину давали по нескольким причинам. Самая прямая — по роду занятий: так называли мастера, который делал ударный музыкальный инструмент — бубен. Но прозвище могло прилипнуть и к человеку, который беспрестанно болтал или неразборчиво бубнил себе под нос. Третий, менее очевидный вариант значения — промотавшийся, разорившийся бедолага: в народной речи «пустить в бубен» означало пустить по миру, проиграть всё состояние.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: к основе Бубен- добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Бубена). Такой тип фамилий — на -ин — в русской ономастике характерен для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я или на согласный (как в данном случае). Фамилия Бубенин не относится к числу дворянских или княжеских — это крестьянская или посадская фамилия, распространённая в центральных и северных губерниях России.

Интересно, что в некоторых говорах слово «бубен» имело и переносное значение — «толстяк», «пузатый человек». Поэтому не исключено, что прозвище могло отражать и внешность предка. В любом случае, все версии сходятся в одном: основа фамилии — живое, образное прозвище, которое давали по заметной черте характера, поведения, внешности или ремеслу.