Фамилия Бубёнова — женская форма фамилии Бубёнов. В её основе лежит прозвище Бубён, которое восходит к названию ударного музыкального инструмента — бубна. Скорее всего, такое прозвище давали человеку по роду занятий: либо музыканту, игравшему на бубне, либо мастеру, который эти инструменты изготавливал. Бубен представляет собой деревянный обод с натянутой кожаной мембраной, а у некоторых разновидностей по краям подвешены колокольчики, издающие звон при встряхивании.

Есть и другая версия — от глагола «бубнить», то есть говорить монотонно, быстро и неразборчиво. В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком с невнятной речью или за тем, кто любил без умолку болтать. Какая версия верна для конкретной семьи, сейчас сказать трудно, но обе они бытовали в русской среде.

Первое документальное упоминание прозвища относится к первой половине XVI века. В «Ономастиконе» историка Степана Веселовского записан Василий Бубён — крестьянин из Новгорода (1546 год). Эта запись показывает, что прозвище было известно ещё в допетровской Руси, а значит, фамилия Бубёнов — одна из старых русских фамилий, образованных от прозвищ.

Сама фамилия построена по простой и типичной модели: к основе Бубён добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын или потомок Бубёна). Окончание -а в женском варианте — грамматический показатель рода, не меняющий смысла фамилии. Такая словообразовательная схема — одна из самых распространённых в русском языке, и она прямо говорит о том, что родоначальником был человек по прозвищу Бубён.