Фамилия Бубенюк — яркий пример того, как прозвище, данное по поведению или ремеслу, закрепилось в родовом имени. Её основа — слово «бубен». В древнерусском языке бубном называли не только музыкальный инструмент, но и пустого, болтливого человека, который «гремит» попусту. Прозвище Бубень или Бубен мог получить либо музыкант, игравший на бубне (скоморох, участник народных гуляний), либо говорун, которого не воспринимали всерьёз.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -юк. Это типичный украинский и белорусский патронимический суффикс, указывающий на «малого» или «потомка». То есть Бубенюк — это буквально «маленький Бубень» или «сын Бубня». Такая модель словообразования (основа + -юк) распространена на западе Украины, в частности на Волыни и в Подолье, а также в юго-западных районах Беларуси. Русская версия той же фамилии звучала бы как Бубенов, а польская — как Бубень.

Встречается и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть от названия села или реки Бубен. Такие топонимы есть в Западной Украине, и тогда Бубенюк — это «выходец из Бубен». Однако такая трактовка менее вероятна, потому что суффикс -юк в топонимических фамилиях обычно присоединяется к названию места целиком (например, Бубенковский → Бубенюк), а не усекает его.

Двойственность прозвища — между ремеслом и характером — характерна для многих восточнославянских фамилий. Сравните с однокоренными: Бубенцов (от уменьшительного «бубенец» — колокольчик, погремушка), Бубенчиков, Бубнов. Все они вышли из одной среды — народной культуры, где бубен был и инструментом, и символом легкомыслия. Сословной привязки у фамилии нет: скоморохи и болтуны встречались и среди крестьян, и среди мещан. В документах XIX века Бубенюки чаще всего записаны как крестьяне и казаки Черниговской, Киевской и Подольской губерний.