Фамилия Бубенина — это классический пример русской «матримониальной» фамилии, образованной с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Бубенина буквально означает «жена (или вдова) Бубена» либо «дочь Бубена» (внебрачная или по отцу). В русской традиции фамилии на -ин чаще всего давали по отцу, но в случае женской формы (Бубенина) она могла закрепиться за женщиной или за потомками по женской линии, когда мужская форма Бубенин уже существовала. Однако в современном бытовании Бубенина — это фамилия, которую носят и мужчины, и женщины, хотя исторически она женского грамматического рода.

Основа фамилии — прозвище Бубен. В старину его давали по нескольким причинам. Во-первых, так могли называть мастера, изготавливающего ударный музыкальный инструмент бубен. Во-вторых, прозвище прилипало к человеку, который беспрестанно болтает или, наоборот, неразборчиво бубнит — говорит глухо, монотонно, «в бороду». В-третьих, существовал переносный смысл: «бубен» — символ пустоты и звона без содержания, поэтому прозвище могли дать промотавшемуся, разорившемуся бедолаге, от которого осталась одна «звонкая пустота». Все три версии равноправны и отражают разные стороны бытовой наблюдательности наших предков.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Бубенина стоит в ряду таких же прозвищных фамилий на -ин, как Балалайкин, Гармошкин, Сопелкин. Суффикс -ин в данном случае присоединён к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный, что типично для русских фамилий от прозвищ мужского рода. Если бы прозвище звучало как Бубень (с мягким знаком), фамилия приняла бы форму Бубнев или Бубнёв, но здесь мы видим именно Бубен — с ударением, скорее всего, на первый слог (Бу́бен), хотя в фамилии ударение могло сместиться: Бубени́на или Бубе́нина — в разных говорах по-разному.

Географически фамилия Бубенина встречается нечасто, но имеет очаги в центральных и северных областях России, где были распространены промыслы по изготовлению музыкальных инструментов и где сохранилась архаичная лексика. В архивных записях XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Бубен — например, в переписных книгах Новгородской и Вологодской губерний. Сословно фамилия не элитарная: её носители, скорее всего, происходили из крестьян, ремесленников или посадских людей, а не из дворян, у которых фамилии чаще образовывались от календарных имён или географических названий.

Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бубен, со временем получил фамилию Бубенина. В ней нет ни тюркских, ни финно-угорских корней — это чисто русская, бытовая фамилия, возникшая из живого разговорного слова. Если вы носите фамилию Бубенина, ваши предки в поколениях до закрепления фамилий (примерно до XVII века) были людьми, которых окружающие запомнили по бубну: либо как мастеров звонкого дела, либо как говорливых или, напротив, монотонных собеседников, либо как тех, кто «прогремел» всё состояние и остался с пустым карманом.