Фамилия Бубягина — женская форма фамилии Бубягин. Её основа — слово «бубяга». В русских говорах так называли человека пухлого, толстощёкого или медлительного, неповоротливого. Слово образовано от «буба» — детского или диалектного обозначения чего-то круглого и мягкого (ср. «бублик», «бубен»). Суффикс -яг- в прозвищах (как в «бедняга», «работяга») придавал оттенок характерности: Бубяга — тот, кто выделяется внешностью или повадкой.

Фамилия редкая, её ареал тяготеет к северным и центральным областям России, где диалектное слово «бубяга» фиксировалось этнографами. Встречается в Вологодской, Костромской и Кировской областях. Патронимический суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын или дочь Бубяги». В старину так могли записать в переписной лист: «Иван Бубягин» — то есть Иван, чей отец Бубяга.

Спорных версий у фамилии почти нет. Иногда основу связывают с глаголом «бубнить» (говорить невнятно), но для прозвища Бубяга значение «толстяк» или «увалень» подтверждается прямыми словарными данными русских говоров. Сословного барьера у фамилии не было: Бубягины могли быть и крестьянами, и мещанами. Написание с «я» во втором слоге закрепилось под влиянием произношения, хотя в документах XIX века встречается вариант «Бубагин» — он отражает более древнюю огласовку, где «а» не перешло в «я» под ударением.

В целом фамилия Бубягина — это прозвищное имя по внешнему признаку, которое закрепилось в северорусской среде и сохранило редкую словообразовательную модель с суффиксом -яг-.