Фамилия Бубякин образована от прозвища Бубяка. По одной из версий, оно ведет свое начало от украинского нарицательного «бубка» - «ягода». Вероятно, прозвище относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на деятельность основателя фамилии: он мог заниматься выращиванием или сбором лесных ягод на продажу. В таком случае Бубякой могли называть глашатая, либо словоохотливого, общительного человека. Согласно еще одной гипотезе, прозвище связано со словом «буба» - «ушиб, опухоль, болячка». Согласно этому, прозвище Бубяка выполняло «охранительную» функцию и использовалось в качестве оберега. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Бубякой. Так и прозвище Бубяка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Бубякин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бубяка, со временем получил фамилию Бубякин.