Фамилия Бубякин происходит от прозвища Бубяка, и её разбор стоит начать с суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Бубякин, то есть сын или потомок Бубяки. Это одна из самых распространённых моделей образования фамилий в северной и центральной России.

Что касается самого прозвища Бубяка, здесь нет единого мнения, и лингвисты предлагают несколько версий. Первая связывает его с украинским словом «бубка» — «ягода». В этом случае прозвище могло закрепиться за сборщиком или продавцом лесных ягод, то есть относилось к числу «профессиональных» именований. Однако та же основа могла означать и «бубен» — отсюда версия, что Бубякой называли глашатая или просто словоохотливого, шумного человека.

Вторая гипотеза опирается на слово «буба» — «ушиб, опухоль, болячка». Здесь прозвище выполняло охранительную функцию: родители нарекали ребёнка Бубякой, чтобы отвести от него злые силы, — верили, что неблагозвучное имя защитит от болезней и сделает мальчика здоровым и красивым. Такая практика была широко распространена в дохристианской и раннехристианской Руси.

С точки зрения географии, фамилия Бубякин встречается нечасто и тяготеет к южнорусским и украинским регионам, что косвенно подтверждает версию о южнославянском или украинском корне «бубка». Встречаются также однокоренные фамилии — Бубяков, Бубакин, Бубкин, но Бубякин выделяется именно суффиксом -ин, который в этом случае указывает на конкретное лицо, а не на принадлежность к роду (как -ов/-ев).

Таким образом, значение фамилии Бубякин зависит от того, какой смысл вкладывали в прозвище предки: либо профессиональный (сборщик ягод или глашатай), либо обережный (от «бубы» — болячки). Обе версии имеют право на существование, но первая — с ягодой — кажется более правдоподобной, так как «бубка» в значении «ягода» зафиксирована в диалектах, а охранительные имена чаще строились на более грубой и прямой лексике.