Фамилия Буденкова образована от прозвища Буда. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного со значением «строение, постройка», «поташный завод, на котором из золы вываривали щелочную соль, использовавшуюся для получения стекла, приготовления мыла, в красильном и других производствах», «торговая площадь». Со временем, вероятно, род Буденко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Буда, со временем получил фамилию Буденкова.