Фамилия Будникова — женская форма фамилии Будников, а та, в свою очередь, образована от прозвища Будник. В основе лежит слово «буда» — так в южных и западных регионах России, а также в Белоруссии и на Украине называли поташный завод, устройство для выварки соли или временную лесную избушку. Соответственно, Будником могли прозвать рабочего на таком производстве, человека, живущего в буде, или владельца подобного предприятия. В словаре Владимира Даля «будник» — это именно работник на буде. Таким образом, фамилия указывает на род занятий предка: он имел прямое отношение к варке поташа (важного компонента для производства стекла и мыла) или к солеварению.

Суффикс -ов в мужской основе (Будников) указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ и профессий: «чей?» — «сын Будника». Окончание -а в женском варианте (Будникова) — стандартное грамматическое оформление по женскому роду.

Географически фамилия чаще всего встречается в областях, где лесохимические промыслы были развиты исторически: в Брянской, Смоленской, Калужской, а также в ряде регионов Урала. В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков фамилия Будников (и её варианты) фиксируется именно среди крестьян и мастеровых людей, занятых на «будных станах».

Встречается и другая, менее распространённая версия: в некоторых говорах «будником» могли называть будничного, повседневного человека, не праздного. Однако эта гипотеза слабее — профессиональное значение слова «буда» в исторических документах прослеживается чётко и подтверждается данными ономастики.