Фамилия Будуева происходит от личного имени или прозвища Будуй. Ономасты связывают его с бурятским языком, где слово «будуу» означает «толстый, солидный, важный». Скорее всего, так могли прозвать человека за его дородность или степенный нрав — в традиционных обществах полнота нередко ассоциировалась с достатком и уважением.

Есть и другая, более локальная версия: прозвище Будуй могли дать по месту жительства. На Байкале существует мыс Будуй, и в бурятском языке «будуй» переводится как «мыс, бухта, улус». В таком случае фамилия указывает на человека, жившего на этом мысу или в окрестностях. Обе версии не противоречат друг другу: имя могло закрепиться и как прозвище по внешности, и как географическое указание, в зависимости от того, в какой среде оно возникло.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе Будуй добавили суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?» — сын или потомок Будуя). Фамилия оформилась в среде, где бурятские имена и прозвища адаптировались через русскую патронимическую систему — это характерно для Забайкалья и Прибайкалья, где столетиями шло смешение культур.

Более точно восстановить историю рода — когда и где именно появилась фамилия, к какому сословию относились первые Будуевы — можно только по архивным записям. Генеалогическое исследование помогло бы подтвердить или уточнить, какая из версий верна для конкретной ветви.