Фамилия Будуй — редкая и интересная, её происхождение напрямую связано с бурятским языком и географией Байкала. В основе лежит личное имя или прозвище Будуй. Самая прямая версия отсылает к бурятскому слову «будуу» — «толстый, солидный, важный». Так могли прозвать полного, дородного человека, причём слово несло оттенок не просто полноты, а степенности, уважительности.

Но есть и другой, не менее правдоподобный след — топонимический. На Байкале есть мыс Будуй. В бурятском «будуй» означает «мыс, бухта, улус». Прозвище могли дать человеку, который жил на этом мысу или в окрестностях. Такая модель — называть человека по месту жительства — очень типична для сибирских фамилий.

Фамилия образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ев (в варианте Будуев) или -ов (редко). Суффикс присоединяется к основе Будуй, указывая на принадлежность: «сын Будуя». То есть фамилия Будуев — это буквально «потомок Будуя».

Географически фамилия тяготеет к Бурятии, Иркутской области и Забайкалью. Встречается она нечасто, что тоже говорит о её локальном, очаговом происхождении. В отличие от фамилий, разошедшихся по всей России из центральных губерний, Будуев остался привязан к ареалу бурятского языка и байкальской топонимики.

Спор между версиями (от прозвища «толстяк» или от названия мыса) неразрешим без конкретных записей XVII–XIX веков. Оба корня реальны, оба дают осмысленное имя. Возможно, в разных родах Будуевых — разная история: одни пошли от прозвища, другие — от топонима.