Фамилия Бугакова образована от прознища Бугак. В его основе лежит диалектное слово «буга», которое в южнорусских говорах означало «низменные берега речные, поросшие ивняком, осокорником и кустами, на ширину поймы; лесная полоса, насколько она потопляется яроводьем; лес и кустарник, по водопольному руслу». Человек, получивший прозвище Бугак, скорее всего, жил в пойме реки, в сырой низине, поросшей кустарником. Такие места называли бугами, а их обитателей — бугаками.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную модель русских фамилий конца XVII–XIX веков: Бугак + -ов = Бугаков, а в женском роде — Бугакова. По этой схеме фамилию давали по имени или прозвищу отца, так что прародитель рода Бугаковых и был тем самым Бугаком.

Стоит отметить, что слово «буга» не единственное в народной географии: в разных областях так называли и заливные луга, и болотистые низины. Поэтому фамилия Бугакова могла возникнуть независимо в нескольких регионах, где бытовало это слово. Вариант с корнем «буг-» встречается и в других славянских фамилиях, например, Бугаев или Бугай, но у Бугакова иная основа — не «бык» (бугай), а именно рельеф местности.

Сословной привязки у фамилии нет: Бугаковы встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в казачьих семьях. Поскольку прозвище описывало место жительства, а не занятие, предки Бугаковых могли быть хлеборобами, рыбаками или просто жителями речных долин, чей быт был связан с пойменными угодьями.