Фамилия Букенова — женская форма фамилии Букенов, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Сама основа Букен- почти наверняка восходит к тюркскому имени или прозвищу. В казахском, татарском, башкирском и других тюркских языках распространено имя Букен (или Букеш) — уменьшительная форма от более полных имён, таких как Букенбай, где «буке» может означать «сильный», «крепкий», «могучий» (ср. древнетюркское büke — «богатырь», «силач»). Встречается и вариант со значением «бык» или «бугай» — как символ силы и упорства. Таким образом, Букенов — это «сын Букена», то есть потомок человека, носившего это имя или прозвище.

Суффикс -ов (-ев) в русской модели фамилий указывает на принадлежность: Букенов — «чей?» — Букенов. Такая форма характерна для многих народов, длительное время живших в составе Российской империи, особенно для тюркских групп, где фамилии русифицировались через добавление патронимического суффикса. Встречаются и параллельные формы — Букеновы, Букешевы, Букембаевы, что подтверждает единый корень.

Географически фамилия Букенов (и Букенова) наиболее распространена в Казахстане, особенно в Западно-Казахстанской, Актюбинской и Атырауской областях, а также среди татар и башкир в России. Встречается она и в среде ногайцев. Это не случайно: в степных регионах имя Букен было частью традиционного именослова, а фамилия закрепилась в XIX–XX веках, когда начался массовый учёт населения.

С точки зрения социального контекста, предки современных Букеновых чаще всего были скотоводами или воинами — занятия, где ценилась физическая сила, отражённая в имени-основе. Никаких указаний на дворянское происхождение нет: это фамилия народная, крестьянская или казачья, что типично для тюркских фамилий, образованных от личных имён. Если искать параллели в славянской среде, то по смыслу она близка к фамилиям Силаков или Богатырёв, только с другой языковой окраской.

В написании стоит обратить внимание на ударение: в русском языке оно чаще падает на второй слог — БукЕнова, хотя в тюркской среде возможен вариант с ударением на последний слог. В документах фамилия пишется без изменений, и это один из тех случаев, когда этимология прозрачна и не требует сложных гипотез: за основой стоит конкретное имя, а не забытое ремесло или топоним.