Фамилия Букнис — редкий пример, где балтийские языки оставили прямой след, а не просто основу для заимствования. В отличие от множества фамилий на -ов/-ин, она сохранила литовский или латышский корень без русской суффиксальной обработки, что сразу указывает на географию предков: территория современной Литвы или Латвии.

Самый вероятный источник — литовское bukti («тупеть», «притупляться», «затупляться»). От этого глагола легко образовать прозвище человека по занятию: тот, кто работает с тупящимся инструментом. Логичнее всего — точильщик кос, ножей или другого режущего инвентаря. В крестьянском быту такое ремесло было востребовано, и прозвище могло закрепиться за целым родом.

Вторая версия отсылает к латышскому buka («облучок», «козлы») или buks («косуля»). Здесь прозвище могло относиться к человеку, который делал или чинил сани, телеги, либо к охотнику, промышлявшему косулю. Оба значения укладываются в бытовую логику деревенских прозвищ.

Третья гипотеза предполагает, что Букнис — фонетический вариант фамилии Бугнис, от литовского būgnyti («барабанить»). В таком случае предок мог быть барабанщиком, глашатаем или музыкантом. Однако эта версия слабее: переход «г» в «к» в балтийских языках нерегулярен, и без письменных подтверждений её стоит считать маловероятной.

Форма фамилии — на -ис — типична для литовских фамилий мужского рода в именительном падеже (ср. Бараускас, Садаускас). В русских документах такое окончание часто сохраняли без изменений, не склоняя по падежам. Это ещё один признак того, что носители фамилии долго жили в среде, где литовский или латышский был основным языком общения.

География фамилии узкая: основные очаги — Литва и северо-запад Беларуси, где исторически были литовские и латышские поселения. В России встречается редко, в основном среди потомков переселенцев XIX — начала XX века.

Сословная принадлежность предков — скорее всего, крестьяне или ремесленники. Фамилия не несёт признаков дворянского или шляхетского происхождения: в балтийской среде такие прозвища закреплялись за простыми людьми по роду занятий или внешним признакам.