По одной из версий, фамилия Букнис восходит к литовскому слову bukti – «тупеть; притупляться; затупляться». Возможно, основатель рода Букнис занимался заточкой кос, ножей и т.д. Согласно другой гипотезе, в основе этой фамилии лежит латышское слово buka – «облучок, козлы» или buks – «косуля». Наконец, нельзя исключить, что Букнис – фонетический вариант фамилии Бугнис, образованной от глагола būgnyti – «барабанить».