Фамилия Букушкин — редкий пример, где за привычным суффиксом -ин скрывается основа, которую легко прочитать неправильно. Если отбросить окончание, остаётся корень «букушк-», который на первый взгляд кажется уменьшительной формой от «бук» (дерево). Но в русской ономастике версия с деревом почти не работает: фамилии от названий растений обычно образуются через суффикс -ов (Буков, Берёзов), а не -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность к лицу или прозвищу: чей? — Букушкин, то есть сын или потомок Букушки.

Самая правдоподобная версия — прозвище Букушка. В русских говорах, особенно в северных и сибирских, «букушка» означало насекомое, мелкого жучка, божью коровку. Слово родственно «букашке» и «букаре» — так называли не только жуков, но и угрюмого, нелюдимого человека («букой»). Прозвище Букушка мог получить либо маленький, юркий человек (сравнение с жучком), либо, наоборот, хмурый и необщительный. Вариант с «букашкой» лингвистически надёжнее, чем с буком: в памятниках XV–XVII веков встречается прозвище Бука, а Букушка — его закономерная уменьшительная форма.

Есть и более экзотическая версия — от тюркского «буку» (олень, бык) или от диалектного «букушка» (вид гриба-трутовика), но она слабо подтверждена географией. Фамилия Букушкин встречается крайне редко, основные очаги — Поволжье и Урал, где были сильны северорусские говоры с «букашкой» и «букой». В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» она не упомянута, что косвенно говорит о её локальном характере.

Таким образом, предок носителя фамилии Букушкин, скорее всего, получил прозвище Букушка за внешность или характер: либо был невысоким и подвижным, либо, напротив, нелюдимым. Фамилия образована по продуктивной модели «прозвище на -ка + суффикс -ин», типичной для русских фамилий из нецерковных имён.