Фамилия Бунеева — женская форма фамилии Бунеев, а та, в свою очередь, образована от личного прозвища Буней. Основа прозвища — диалектное слово «буня». Владимир Даль в своем «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет его как «хвастун, гордец». Значит, именование Буней указывало на характер человека: либо он любил прихвастнуть, либо держался надменно, либо, по другой версии, обладал громким, зычным голосом — «буня» могло значить и «гудок, ревун».

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединялся к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или й. В данном случае к основе Бун- добавили -ей (Буней), а затем патронимический суффикс -ев, что буквально означает «сын Бунея». Со временем форма закрепилась как фамилия.

Степан Веселовский в своих ономастических записях фиксирует людей с однокоренными именованиями ещё в XV–XVI веках: Буня, крестьянин, 1498 год, Владимир; Буня, крестьянин, 1545 год, Новгород. Встречается и фамилия Бунин, образованная от той же основы: например, Иван Майков Бунин, 1579 год, Ряжск. Это показывает, что прозвище было распространено в разных регионах — от новгородских земель до рязанских.

Таким образом, фамилия Бунеева не связана с каким-то одним ремеслом или сословием: её предком мог быть и крестьянин, и посадский человек, получивший прозвище за манеру поведения или голос. География ранних упоминаний (Владимир, Новгород, Ряжск) указывает на северные и центральные области России.