Фамилия Бурханходжаева — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение: она составная, и её части отсылают к арабскому и персидскому языкам, пришедшим в тюркскую среду вместе с исламом. Основа — мужское имя Бурханходжа, которое в свою очередь сложено из двух компонентов. Первый, «Бурхан» (араб. برهان), означает «доказательство», «довод», а в религиозном контексте — «доказательство истины», «светоч веры». Второй, «Ходжа» (перс. خواجه), — почётный титул, означающий «господин», «хозяин», «наставник», а в Средней Азии часто указывающий на происхождение от первых четырёх халифов или пророка Мухаммеда (так называемые «ходжи»). Таким образом, имя Бурханходжа можно перевести как «доказательство истины, достойное господина» или «светоч веры из рода ходжей».

Суффикс «-ева» указывает на принадлежность: это женская форма фамилии, образованная от мужской Бурханходжаев. По модели образования фамилия типична для народов, испытавших влияние русского языка через делопроизводство и паспортную систему XIX–XX веков. В среде узбеков, таджиков, уйгуров и других народов Центральной Азии такие фамилии на «-ов/-ев» стали массово фиксироваться при советской паспортизации, заменив традиционные патронимы (например, Бурханходжаевич) на фамилии по отцу.

Географически фамилия Бурханходжаева наиболее характерна для Узбекистана и Таджикистана, реже встречается в Казахстане и Кыргызстане. Внутри региона она может указывать на принадлежность к определённым махаллям или родам, где звание ходжи передавалось по наследству. В отличие от фамилий, образованных от чисто арабских имён (например, Бурханов), здесь сохранился полный состав имени-титула, что говорит о том, что носитель фамилии происходит из семьи, где звание ходжи было не просто формальностью, а важной частью самоидентификации.

Стоит отметить, что в русском языке фамилия сохраняет ударение, близкое к оригинальному произношению: Бурханходжа́ева (на третий слог, как в узбекском). Встречаются варианты написания с одной «ж» (Бурхаходжаева), но это скорее ошибки при записи, так как «х» и «дж» в исходном имени разделены. По сути, фамилия — это целая родословная в одном слове: она говорит и о религиозном значении имени предка, и о его социальном статусе, и о регионе, откуда семья родом.