Фамилия Бушенков — это отчество второго порядка, то есть «внук Буши». Если развернуть цепочку: было прозвище Буша, от него образовали отчество Бушенко (сын Буши), а уже от него — Бушенков (внук Буши). Такая модель с суффиксом -енко (украинского или южнорусского происхождения) и последующим русским -ов характерна для фамилий, которые складывались на стыке двух культурных традиций: малороссийской и великорусской. В русском языке суффикс -енко обычно означал «маленький» или «сын», а в фамилиях он закрепился как указание на потомка.

Само прозвище Буша, скорее всего, связано с глаголом «бушевать» — то есть шуметь, буянить, вести себя неспокойно. Так могли прозвать человека с бурным нравом, крикливого или вспыльчивого. Впрочем, не исключено, что прозвище имело и более конкретное бытовое значение: в южных и западных говорах «буша» иногда называли густую кашу или месиво, а в некоторых диалектах — заросли кустарника, бурелом. Но связь с «бушевать» выглядит более естественной для прозвища человека.

Фамилия Бушенков встречается в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине. Её носители — потомки тех, кого в XVI–XVII веках записывали как Бушенко или Буша. В старых документах эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её относительно позднем оформлении: окончательно она закрепилась уже после отмены крепостного права, когда крестьянам массово давали фамилии по отцу или деду.