Фамилия Бабушенков образована по модели, характерной для северных и центральных областей России: суффикс -енк- (уменьшительно-ласкательный, часто с оттенком «сын» или «маленький») плюс фамильный суффикс -ов. Если убрать -ов, остаётся основа Бабушенко — типичная украинская или южнорусская фамилия. Но в русском варианте она обросла окончанием -ов, что указывает на переселение предков с юга на север или на адаптацию украинской фамилии под русскую систему.

Корень здесь — «бабушка». Но не в современном родственном значении. В старину «бабушкой» называли не только мать отца или матери, но и повитуху (бабку-повитуху), а также знахарку, ворожею. В некоторых говорах «бабушкой» могли звать женщину, присматривавшую за детьми, или просто пожилую уважаемую женщину. Отсюда и прозвище Бабушка — его давали человеку, который либо был сыном такой женщины, либо сам напоминал её по характеру или занятию.

Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «бабушить» — нянчить, качать на руках. В этом случае прозвище могло закрепиться за нянькой или пестуном. Но для фамилии Бабушенков первая версия — через повитуху или знахарку — выглядит убедительнее, потому что суффикс -енк- часто указывает на принадлежность: «чей?» — «бабушкин сын», то есть Бабушенок.

Встречается фамилия в основном в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также в Сибири, куда переселенцы привезли её в XIX веке. В дореволюционных списках Бабушенковы — чаще крестьяне и однодворцы (потомки служилых людей на южных рубежах). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.