Фамилия Бушуков образована от прозвища Бушуй, которое в русских говорах давали человеку с буйным, неспокойным нравом. «Бушует» — значит шумит, буянит, не сидит смирно. В словаре Владимира Даля «бушуй» — это озорник, своевольник, а в некоторых регионах так называли и сильный ветер, порывистую погоду. Прозвище могло закрепиться и за тем, кто работал на лесосплаве или на речных судах — в артелях, где работа была шумная и требовала напора. В основе фамилии лежит глагол «бушевать», восходящий к звукоподражательному корню «бу-» — имитации гула, шума.

Суффикс «-ов» указывает на типичную русскую патронимическую модель: Бушуков — буквально «сын Бушуя» или «из семьи Бушуя». Фамилия закрепилась в северных и центральных губерниях России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Бушуй — например, в Вятском крае и на Урале. Позже фамилия попала в списки донских и кубанских казаков, где прозвища часто становились наследственными.

Интересно, что фамилия Бушуков довольно редкая по сравнению с Бушуевым или Бушковым. Форма на «-уков» вместо более привычного «-уев» могла возникнуть в говорах, где прозвищная основа Бушук — вариант Бушуя с уменьшительным или фамильярным оттенком. Встречаются и написания через «а»: Башуков, но это уже иная ветвь, от имени Башко (Баша).

Ономастический словарь Бориса Унбегана относит фамилии с корнем «буш-» к группе, образованной от прозвищ, описывающих характер или поведение. Социально Бушуковы в основном принадлежали к крестьянскому и мещанскому сословиям, реже — к купечеству. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована, что объясняет её «простонародный» характер: прозвище Бушуй не несло положительной оценки, скорее указывало на человека, с которым трудно ужиться.