Фамилия Бушенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была характерна для казацкой старшины и мещанства Левобережной Украины. Суффикс -енко в таких фамилиях указывал на «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище стало основой. В данном случае основа — Буш (или Буша), и ключ к происхождению лежит в прозвищном фонде.

Слово «буша» в украинских и южнорусских говорах имело несколько значений. Самое вероятное — диалектное название густого кустарника, терновника или вообще зарослей (от тюркских языков, где «буш» означает «пустыня, пустошь», но в славянской среде переосмысленное как «чаща, глухомань»). Человек мог получить прозвище Буш или Буша за то, что жил у леса, в глухой местности, или, напротив, за нелюдимость и «колючий» характер. Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с польским «busz» — «куст», что подтверждает ту же природную семантику.

Менее вероятно, хотя и возможно, происхождение от личного имени. В старых польских и украинских источниках встречается имя Буша как сокращение от Бужен или Будзимир, но это скорее исключение. Распространённость фамилии Бушенко именно в центральных и восточных областях Украины — Полтавщине, Черкасщине, Харьковщине — указывает на её связь с казацкой средой, где прозвища по месту жительства и особенностям характера были нормой.

Однокоренные фамилии — Буш, Буша, Бушенков, Бушев — различаются суффиксами по территориальному признаку. Бушенко — чисто украинская форма, тогда как Бушенков — результат русификации на русском Севере или в среде переселенцев. Встречается также вариант Бушенко с ударением на первый слог, что характерно для некоторых регионов Правобережья, но основной акцент в фамилии — на второй слог (Буше́нко), что типично для классической украинской модели.

Социальный статус первых носителей мог быть разным: от рядового казака до сельского ремесленника. В реестрах Запорожской Сечи и метрических книгах XVIII века Бушенко фигурируют как люди «посполитого» звания, то есть свободные, но не шляхетского происхождения. Никаких документальных свидетельств о знатном или дворянском корне фамилии нет — это фамилия трудового люда, осёдлого на украинских землях.