Фамилия Бусунин — редкая, и её разбор сразу ставит вопрос: что за основа «бусун»? Слово не из современного русского языка, и это нормально для фамилий старых, крестьянских или северных. Скорее всего, в основе лежит прозвище или диалектное слово.

Самый вероятный корень — «бус» или «буса». В северных и сибирских говорах «буса» — это мелкий дождь, мокрый снег, туман, изморось. В архангельских и вологодских диалектах так называли и густую пыль, и мелкую водяную взвесь. Отсюда же «бусить» — моросить, сыпать мелко. Прозвище Бусуня могли дать человеку с мелкими чертами, суетливому или тому, кто постоянно «моросит» — надоедает, пристаёт по мелочам. Суффикс -ун- в прозвищах (как в Болтун, Ворчун, Говорун) указывает на деятеля по характерному действию или свойству. Бусуня — тот, кто бусит, то есть действует мелко, навязчиво или, в прямом смысле слова, «сыплет» чем-то.

Другая, менее вероятная гипотеза — связь с татарским или тюркским «бус» — пар, туман, или «буса» — вид холодного оружия. Но для такой фамилии это экзотично: Бусунин — по суффиксу -ин типично русская фамилия, образованная от прозвища на -я, а не от иноязычной основы. География фамилии — преимущественно центральные и северные регионы России (Вологодская, Кировская, Костромская области), что подтверждает диалектную версию.

Фамилия Бусунин — пример того, как прозвище, данное по поведению или внешности, закрепилось за родом. Предки Бусуниных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, и прозвище Бусуня перешло в фамилию в XVI–XVII веках, когда на Руси массово оформлялись родовые имена через суффиксы -ов и -ин. Сословных привилегий фамилия не несёт — это «низовая» антропонимия, живая и прямая.