Фамилия Бусунина — женская форма мужской фамилии Бусунин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени предка по мужской линии. Основа фамилии — «Бусуня». Это слово, скорее всего, является вариантом или производным от диалектного «бусый». В русских говорах «бусый» означало «серый», «дымчатый», «пепельный», а также «сизый» или даже «хмурый, пасмурный». Так могли прозвать человека за цвет волос (серый, с проседью), за невзрачную одежду или за угрюмый нрав.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: Бусунин — это «сын Бусуни» или «человек из рода Бусуни». Такая модель образования («прозвище + -ин») была очень распространена в северных и центральных регионах России, особенно в Новгородской и Вологодской землях. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от мирских имён на -а/-я, «-ин» чаще закреплялся за прозвищами, оканчивающимися на согласный или -а.

Встречается и другая, менее вероятная версия: основа могла быть связана с тюркским словом «бус» — «туман», «мгла». В таком случае прозвище Бусуня могло означать «туманный», «непонятный», но для русской фамилии это объяснение выглядит натянутым — корень «бус» в значении «туман» нехарактерен для славянской ономастики.

Фамилия редкая, не имеет массовой географии. Встречается в основном в Поволжье и на Урале — там, где активно смешивались севернорусские переселенцы с местным населением. В дореволюционных списках Бусунины фиксировались среди крестьян и мещан, то есть предки были, скорее всего, простыми людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно, что подтверждает её народное происхождение.