Фамилия Буткуте — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычную модель с суффиксами -ов, -ин или -ский, и это сразу подсказывает её происхождение: перед нами литовская фамилия в женской форме. В литовском языке фамилии жён и незамужних дочерей различаются окончаниями: -ене для замужних и -уте (-ūtė) для девушек. Буткуте — это «дочь Буткуса» или «девушка из рода Буткусов». Мужская основа здесь — Буткус (Butkus), одна из самых распространённых литовских фамилий.

Корень but- восходит к литовскому būti — «быть», но в антропонимии он приобрёл более конкретный смысл. В старых литовских прозвищах Butkus нередко означало «живучий», «крепкий» или, по другой версии, «домосед» — от būta («жильё», «обитель»). Слово могло закрепиться за человеком, который подолгу сидел дома или, напротив, был известен своей стойкостью. В любом случае, это прозвище, а не крестильное имя.

На территорию современной России фамилия попала с литовским населением, особенно из районов бывшей Виленской и Ковенской губерний. Встретить Буткуте можно среди потомков литовцев, переселившихся в Сибирь и на Дальний Восток в конце XIX — начале XX века, а также в Калининградской области. В русской среде фамилия не склоняется по падежам, сохраняя литовскую грамматику: «письмо от Буткуте», «встреча с Буткуте».

С точки зрения словообразования, Буткуте стоит в одном ряду с другими литовскими женскими фамилиями на -уте: например, Адомайтите, Янушите, Раманауските. Но если те образованы от имён (Адам, Ян, Роман), то Буткуте держится на прозвищной основе — это делает её более «профессиональной» или бытовой, а не «именной». В Литве до сих пор существует множество мужчин с фамилией Буткус, а вот Буткуте — исключительно женский вариант, который в официальных документах часто указывают как девичью фамилию.