Фамилия Бутово — редкий случай, когда топоним стал родовым именем, но не по самой распространённой модели. Скорее всего, её носили не владельцы подмосковного Бутова, а выходцы из одноимённых деревень, которых в России было немало. Названия Бутово, Бутова, Бутовка встречаются в Тверской, Псковской, Смоленской, Калужской областях, и фамилия закрепилась именно за теми, кто переселился оттуда и получил прозвание по месту прежнего жительства.

Морфологически фамилия стоит особняком. В русской ономастике фамилии на -ово, -ево, -ино — это обычно исходная форма топонимов, которые сами стали фамилиями без добавления суффикса (как Бутово, Иваново, Кузнецово). Такие фамилии не склоняются и указывают на то, что предок был назван по названию села или деревни, а не по личному имени или прозвищу. Это отличает Бутово от массовых фамилий на -ов (Бутов), где основа — прозвище или имя.

Сама основа «бут» неоднозначна. В русских говорах «бут» — это бутовый камень, щебень, строительный мусор, а также буйный, драчливый человек. В словаре Даля «бутить» значит заваливать яму камнем. Прозвище Бут могли дать либо каменотёсу, либо человеку с тяжёлым, «каменным» характером. Но в случае с фамилией Бутово связь с прозвищем слабая: если бы предка звали Бут, фамилия звучала бы как Бутов. А Бутово — это «из села Бутова», и первичен здесь географический объект, а не личное прозвище.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии Бутово был крестьянином или однодворцем из южных или западных губерний, где топонимы на -ово особенно часты. Переселившись в другую местность, он получал прозвание по родной деревне, и это прозвание со временем застыло в форме среднего рода. Среди известных носителей фамилия встречается нечасто, что подтверждает её локальный, а не дворянский характер.