Фамилия Бутучя — редкий случай, когда географический и языковой след ведёт не в центральные русские земли, а на северо-запад, в зону контакта с балтийскими языками. В русском ономастиконе фамилии на -чя почти не встречаются в исконной восточнославянской модели: этот суффикс характерен для литовской и латышской традиции, где он выполняет роль уменьшительного или патронимического показателя. В литовском языке суффикс -čia (читается как «чя») образует фамилии от личных имён или прозвищ: например, Butkus → Butkutis, Butkučia. Основа But- в балтийских языках восходит к корню but- — «быть, существовать», но чаще это сокращение от имён вроде Butvydas или Butgaudas, где первая часть означает «дом, жильё» (ср. лит. butas — квартира). Таким образом, исходное прозвище или имя Бутус, Бутуч могло означать «домашний», «домосед» или быть производным от двухосновного имени с элементом «дом».

Вероятнее всего, фамилия Бутучя — это русифицированная запись литовской или латышской фамилии. В XIX — начале XX века, когда литовцы и латыши попадали в российские метрические книги и переписи, их фамилии часто записывали на русский лад, сохраняя при этом характерные окончания. Форма Бутучя могла возникнуть из литовской фамилии Butučia (с ударением на первый слог) или Butučis. Суффикс -я в русской записи передаёт мягкость конечного согласного, свойственного балтийскому произношению.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Бутучя — это, скорее всего, потомки крестьян или мещан из западных губерний Российской империи: Ковенской, Виленской, Сувалкской, а также из прибалтийских губерний. Встречаемость фамилии в современных российских базах крайне низкая, что подтверждает её локальный и миграционный характер. Сравнение с однокоренными фамилиями — Бутус, Бутузов, Бутуев — показывает, что они образованы от той же основы, но по другой модели: с русскими суффиксами -ов/-ев. Бутучя стоит особняком именно благодаря балтийскому суффиксу, который не даёт спутать её с массовыми русскими фамилиями.