Фамилия Чакарнис (фонетический вариант — Шакарнис), вероятно, образована от прозвища Шакарнис, которое восходит к литовскому слову šakarnis – «ветвистое дерево». Скорее всего, подобное прозвище получил человек, рядом с домом которого росло раскидистое дерево. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Чакарнис лежит прозвище Чакарн, которое восходит к латышскому слову čakarēt - «обманывать». В этом случае основателем рода Чакарнис мог стать плутоватый человек.