Фамилия Чаклия — редкий случай, когда географический указатель надёжнее любого словарного толкования. Её носители почти все — из одного места: из грузинского села Чакви (Чаква) в Аджарии, на черноморском побережье. Фамилия образована по грузинской модели на -ия, типичной для Западной Грузии (сравни: Гулия, Джения). Основа «Чакв-» с закономерным переходом «в» в «л» в русской передаче — явление нередкое при заимствовании: грузинское «чакви» (название села) стало «Чаклия», а не «Чаквия».

Значение исходного топонима Чакви спорно. По одной версии, в основе лежит сванское слово со значением «каменный» или «скалистый» — село стоит в предгорьях. По другой, более прозаичной, название происходит от местного диалектного названия растения или кустарника. В любом случае, фамилия Чаклия не прозвищная и не ремесленная, а чисто топонимическая: предок носителя был выходцем из Чакви или владел там землёй.

Модель образования проста: к названию села прибавили окончание -ия, указывающее на принадлежность. В грузинской ономастике такие фамилии часто закреплялись за крестьянскими родами, приписанными к конкретному селу. Сословно это, скорее всего, крестьяне или мелкие дворяне — в Аджарии до XIX века не было крупной аристократии с фамилиями на -дзе или -швили.

Написание «Чаклия» с твёрдым «л» и окончанием -ия — результат адаптации грузинской фамилии к русской графике. В оригинале, по-грузински, фамилия пишется как ჩაკვია и звучит ближе к «Чаквиа». Буква «в» в русском языке перед «и» дала «л» (сравни: грузинское «тквени» — «тклени» в русских записях). Это не ошибка, а устойчивая фонетическая замена, характерная для южнорусских говоров XIX века, через которые шла фиксация фамилий.

Других версий происхождения — из греческого, турецкого или абхазского — нет. Фамилия Чаклия остаётся локальной, аджарской, и не встречается за пределами Грузии и постсоветского пространства. Её носители — почти всегда потомки тех, кто жил в Чакви или окрестных сёлах.