Фамилия Чалая образована от прозвища Чалый. Прилагательное «чалый» обозначает масть лошадей: серая, с примесью другой шерсти. Однако в сибирских говорах это слово имело значение «шушера, шваль». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чалый, со временем получил фамилию Чалая.