Фамилия Чаруковский — один из тех случаев, когда за звучным окончанием скрывается не дворянский титул, а прозвище, данное за манеру поведения. Её основа — не географическое название и не церковное имя, а глагол «чаровать» в значении «колдовать, околдовывать, производить сильное впечатление». Модель образования типична для восточнославянских фамилий: прозвище Чарук (усечённая форма от «чаровник» или «чародей») плюс суффикс -овск-, который в XVI–XVII веках часто добавляли к основам на -к, чтобы избежать стечения согласных. Получается Чаруковский — «сын того, кого звали Чаруком».

Суффикс -ский в этой фамилии не обязательно указывает на шляхетское происхождение. В среде крестьян и мещан Украины и Белоруссии такие фамилии нередко появлялись как «географические» по форме, но прозвищные по сути: человека прозвали Чаруком, а его потомков стали записывать как Чаруковских, подгоняя под привычную модель фамилий на -ский. В Великороссии, где преобладали фамилии на -ов/-ев, Чаруковские встречаются реже — это указывает на западнорусские или малороссийские корни рода.

Спорный момент — возможная связь с тюркским «чарык» (чирик, солдат) или «чарык» (вид обуви). Версия слабая: в русских говорах «чарук» как название сапога или башмака фиксируется, но прозвище от предмета обуви давали редко, а фамилии от него образовывали скорее через -ов (Чаруков). Версия с «чаровать» и «чародей» убедительнее — она объясняет и прозвищную мотивацию, и характерный суффикс.

В истории фамилия известна прежде всего по династии врачей Чаруковских. Алексей Чаруковский (конец XVIII — первая половина XIX века) был профессором Медико-хирургической академии, автором трудов по военной медицине. Его сын, тоже врач, продолжил дело. Но это не значит, что все Чаруковские — потомки медиков. Фамилия бытовала и в купеческой, и в духовной среде, особенно на территории современной Украины (Черниговщина, Полтавщина) и в южных губерниях России. Встречается она и сегодня, но нечасто — это редкая фамилия, сохранившая в основе живое прозвище, а не книжное имя.

Итог: Чаруковский — потомок человека по прозвищу Чарук, то есть колдун, чародей или просто обаятельный говорун, умевший «зачаровать» собеседника. Фамилия южнорусского или украинского происхождения, с суффиксом -ский, который здесь не столько «дворянский», сколько формообразующий.