Фамилия Чарунин образована от прозвища или нецерковного имени Чаруня. Основа здесь — слово «чара», которое в древнерусском языке означало и ритуальный сосуд, и колдовство, и даже «чарующий» взгляд. Чаруней могли прозвать человека, который умел заговаривать, ворожить, или же того, кто славился умением пить — не в смысле пьянства, а как знаток обрядовых пиров, «чар» с хмельным мёдом. Вторая версия, менее вероятная, но встречающаяся в ономастике, связывает корень с диалектным «чарый» — серый, тусклый, но для фамилии Чарунин такое значение менее типично.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чарунин — буквально «сын Чаруни» или «человек из рода Чаруни». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от личных имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я (сравните: Фомин, Савин, Гаврилин). Фамилия эта недворянская, скорее всего крестьянская или посадская, и её география — северные и центральные губернии России, особенно Вологодчина и Архангельская область, где слово «чара» в значении «колдовство» и «чарун» как «ворожей» бытовало до XIX века.

Редкость фамилии в том, что она не перешла в массовые патронимы на -ов, а сохранила архаичную форму на -ин, что косвенно указывает на её давнее происхождение. Однокоренные фамилии — Чарухин, Чаров, Чарушников — встречаются чаще, но Чарунин стоит особняком: она не отсылает к ремеслу или внешности, а прямо называет предка по его прозвищной сути. Если ваш предок был Чаруня, то, скорее всего, он был человеком заметным — либо знахарем, либо заводилой на гуляниях.