Фамилия Чарнин — редкий случай, когда корень слова не лежит на поверхности и заставляет задуматься. В ней нет привычного отчества от крестильного имени или названия ремесла. Основа «Чарн-» не встречается в современных русских словарях, поэтому основной путь — искать прозвище или иноязычное заимствование.

Суффикс -ин указывает на притяжательную модель: «чей?» — Чарнина. Так образовывали фамилии от основ, оканчивающихся на -а или -я. Значит, исходное прозвище или имя звучало как Чарня или Чарна. Самая вероятная версия связывает Чарню с диалектным словом «чарный» — в некоторых говорах так говорили о хмуром, угрюмом или задумчивом человеке. В северных и сибирских говорах «чара» означала «тоска», «грусть», а «чарной» — «печальный». Прозвище Чарня мог получить человек с невесёлым нравом или тот, кто часто ходил с задумчивым лицом.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с древнерусским «чара» (кубок, чаша). Тогда Чарня — это либо мастер, делавший чары (чарник), либо человек, любивший выпить. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от «чары» чаще давали по роду занятий и образовывали с суффиксом -ник (Чарник, Чарников), а не с -ня.

Третий вариант — заимствование из тюркских языков. В татарском и башкирском «чар» означает «круг», «обод», а «чарны» — «круглый». Но в этом случае фамилия была бы редкой даже среди татарских родов, и в русской среде её адаптировали бы скорее как Чарнов или Чарнин с другим ударением.

География фамилии Чарнин показывает, что она встречается в основном на северо-западе России — в Ленинградской, Псковской, Новгородской областях. Это совпадает с ареалом диалектного слова «чарный» в значении «угрюмый». Встречаются Чарнины и в Сибири, но там это, скорее всего, результат переселения северян в XIX веке.

Таким образом, Чарнин — фамилия-прозвище, которая родилась в северорусской деревне. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком неразговорчивым или сдержанным, за что и получил прозвище Чарня. Сословно это могли быть крестьяне или посадские люди — дворянских родов Чарниных в истории не зафиксировано.